Spanair fue la primera aerolínea española en conseguir en 2003 la certificación IOSA, el Programa de Auditoría de Seguridad Operativa de la Asociación Internacional de Transporte Aéreo (IATA).

Asimismo, Spanair renovó oficialmente su registro como Compañía IOSA 2005, 2007 y en 2009, además, el pasado mes de febrero se obtuvo una nueva renovación válida hasta mayo de 2011, habiendo superado satisfactoriamente los más de 900 requerimientos y prácticas recomendadas de este programa de seguridad operaciones.