El Programa de Invierno 2009/10 que comenzó el 27 de octubre, oferta más de 28.000 vuelos distribuidos en 49 rutas (17 peninsulares, 16 hacia las islas Canarias, 6 hacia las islas Baleares y 10 internacionales).

Rutas nacionales

Spanair mantiene 38 rutas nacionales además del Puente Madrid-Barcelona. Tiene el mayor número de vuelos semanales que unen Baleares con Barcelona y Madrid, con un total de 260, manteniendo conexiones diarias entre ambas capitales y las islas de Mallorca e Ibiza. Por primera vez se operan 2 frecuencias diarias con Menorca.

En las islas Canarias, opera 16 rutas y mantiene conexiones diarias desde la Península con Gran Canaria, Tenerife, Lanzarote y Fuerteventura. Adicionalmente operará un vuelo semanal directo entre Barcelona y Fuerteventura.

En rutas peninsulares, ofrece 570 vuelos semanales en 17 rutas nacionales y pone en servicio 120 vuelos en el Puente Barcelona - Madrid: 10 diarias de lunes a viernes; 4 los sábados y 6 los domingos.

Rutas internacionales

Se mantienen 10 rutas con 194 vuelos directos semanales, operando desde Barcelona a Argel, Banjul, Copenhague, Estocolmo y Munich; desde Madrid a Banjul, Copenhague y Frankfurt; y desde Málaga a Copenhague.
Como novedad, Spanair estrena su servicio directo entre Alicante y Orán 2 veces por semana y la ruta que une Barcelona con Estocolmo pasará a operar con 2 vuelos diarios.